მოლეკულური სხივის ეპიტაქსი ჩატარდა მაღალ ვაკუუმში ან ულტრა მაღალი ვაკუუმში (1 x 10^-8პ) გარემო. მოლეკულური სხივის ეპიტაქსიის ყველაზე მნიშვნელოვანი ასპექტია მისი დაბალი დეპონირების მაჩვენებელი, რაც, როგორც წესი, საშუალებას აძლევს ფილმს ეპიტაქსიური იზრდება 3000 ნმ -ზე ნაკლები საათში. დეპონირების ასეთი დაბალი მაჩვენებელი მოითხოვს საკმარისად მაღალ ვაკუუმს, რათა მიაღწიოს იგივე დონის სისუფთავეს, როგორც სხვა დეპონირების მეთოდებს.

ზემოთ აღწერილი ულტრა მაღალი ვაკუუმის დასაკმაყოფილებლად, MBE მოწყობილობას （Knudsen Cell） აქვს გამაგრილებელი ფენა, ხოლო ზრდის პალატის ულტრა მაღალი ვაკუუმური გარემო უნდა შენარჩუნდეს თხევადი აზოტის მიმოქცევის სისტემის გამოყენებით. თხევადი აზოტი გაცივებს მოწყობილობის შიდა ტემპერატურას 77 კელვინამდე (−196 ° C). დაბალ ტემპერატურულმა გარემომ შეიძლება კიდევ უფრო შეამციროს ვაკუუმში მინარევების შინაარსი და უზრუნველყოს უკეთესი პირობები თხელი ფილმების დეპონირებისთვის. ამრიგად, MBE აღჭურვილობისთვის საჭიროა თხევადი აზოტის გაგრილების მიმოქცევის სისტემა, რომელიც უზრუნველყოფს უწყვეტი და სტაბილური მიწოდებას -196 ° C თხევადი აზოტით.